八年前，从小一起长大的阿齐（黄宗泽饰）、阿猫（张继聪饰）和金仔（陈家乐饰）三兄弟拜入龙头佑哥（黄德斌饰）门下，佑哥对三人照顾有加。谁料，佑哥势头如日中天时遭刀手伏击，风云人物一朝沦为残废。佑哥出事后，阿齐为了社团忍辱负重；阿猫隐姓埋名，只想和妻子阿悦（卫诗雅饰）做回普通人；金仔为了上位，不惜暗中助对家公司老板出头。而一心想要为夫报仇的佑嫂（周励淇饰）查出，佑哥当年出事似与三兄弟其一有关。在情义与利益交织的漩涡中，曾经生死与共的三人将如何抉择各自的命运？他们的决定，又会触发怎样的结局呢？

　　香港海关在一次例行海上巡逻中，查获一艘藏有大批杀伤力武器的货船，调查过程中遭遇一群海外势力轰炸抢夺。为追查走私真相，张允南（张学友饰）派出下属周正礼（谢霆锋饰）与国际刑警一同远赴海外，辗转庞大而复杂的军火黑市，顶着漫天炮火追查线索的周正礼刚有眉目，噩耗却突然从香港传来，原来军火失窃另有隐情……

　　通缉犯陈桂林（阮经天饰）生命将尽，却发现自己在通缉榜上只排名第三，他决心查出前两名通缉犯的下落，并将他们一一除掉。陈桂林以为自己已成为当代的周处除三害，却没想到永远参不透的贪嗔痴，才是人生终要面对的罪与罚。
　　影片引用的“周处除三害”典故，见于《晋书·周处传》和《世说新语》。据记载，少年周处身形魁梧，武力高强，却横行乡里，为邻人所厌。后周处只身斩杀猛虎孽蛟，他自己也浪子回头、改邪归正，至此三害皆除。

恶水之源中的炸弹被郭得友成功拆除，却依然发生爆炸。郭得友反被指认为魔古道余孽性命难保。顾影因是魔古道圣童，血液内含抗体，成了拯救全津城的疫苗母体。肖兰兰之父肖砚因魔古道事件引咎辞职，丁卯扛魔有功虽被炸伤了腿，却被新任天津都督敖旦任命为津城秘书长。丁卯上任第一件事是清理被恶水之源污染的河道。肖兰兰的大表哥范君尧引荐了水利专家西格蒙德，提出“裁弯取直”方案，加速海河排污。因裁弯取直会损害一生门码头航运生意，一生门门主崔疯子强烈反对频频闹事。另一边，郭得友摆脱指认后，追查恶水之源爆炸根源，发现崔疯子打理的一处小矿恰好在恶水之源爆炸点的上方。于是郭得友找崔疯子探知其中内情。此时崔疯子正在一家戏院为夫人祝寿。