阿曹（杜汶泽 饰）是一名“赏金猎手”，即依靠不错的伸手拿悬赏生活的人。这次阿曹要拿到警方的四十万悬赏，就需要抓到抢劫犯李见辉（王子义饰）。按照情报，他来到了一座神秘的旅馆，消息称这是李见辉最后出现的地方。旅店老板（万梓良 饰）是一个古怪的人，平日疑神疑鬼，还张贴出一张悬赏要找回自己的女儿，赏金过亿，更古怪的是店中的服务员孙朗清（薛凯琪 饰）却多次声称自己就是孙老板的女儿，孙老板却矢口否认。不只有奇怪的老板店员，酒店的旅客也疑点重重，驼背龅牙的椰子佬（王子义 饰）整日行踪诡秘，更传说酒店常有人自杀……阿曹能成功拿到悬赏吗？旅店内秘密能否被揭开。

时间来到了2046年，80多岁的阿金（吴君如 饰）来到了山顶，阻止了失恋青年（杜文泽 饰）服用可以删除记忆的药，并开始给他说起了自己的往事，回顾自己一生中最艰难的2003年。阿金回想到那年是香港经历“非典”的一年，每个人都人心慌慌，同时经济也受到了考验。在这一年之中，她遇到了生意失败想自杀的嫖客，遇到了努力寻找老婆的嫖客，遇到了“非典”期间走在医务前线的医生，也讲到了当年与表哥（张学友 饰）的一段情，与表哥的出卖。这些日子里充满了酸甜苦辣，但阿金还是非常庆幸自己还能拥有这些记忆。

　　同是警察的黄姜（黄秋生）和七喜（刘青云）情同手足，然而两人行事上却有天壤之别，黄姜刚正不阿，七喜却与黑帮老大盲超（吴镇宇）是结拜兄弟，某次行动中，黄姜迫于无奈将七喜连同盲超击毙，事后也没解释原因，令七喜老婆对其生出误会。
　　十多年后，七喜的儿子（黄浩然）与盲超的儿子阿威（陈小春）长大成人，并各自继承父业分别成了警察和黑帮老大。阿威一直想报父仇，可乐在不了解事情的真相前也有这样的打算，但在知晓事实后，开始为选黑还是选白犯难。

　　干劲十足的乐坛天后J（容祖儿饰），每天马不停蹄地穿梭各类型工作，生活忙得喘不过气。当脱下华丽舞衣，卸下妆容后身心累得一片空白。但对事业充满斗心的她仍希望努力拓展国内市场，令事业再创高峰。在认识了盲人按摩师胡明（胡歌饰）之后，对生活燃起爱火，对繁忙的工作开始疏离厌倦，经纪人Man（杜汶泽饰）为保住J的天后位置，激烈反对。R（林欣彤饰）一夜成名成为乐坛新贵，更被视为威胁J的实力新人，对演艺圈的奢靡复杂生活，既向往又惶恐，但却渐与平凡低薪的男友K（陈家乐饰）距离越来越远，无法再维系这段感情……
　　左右她们命运的经纪人Man，利用种种卑鄙的手段，让J和R，从名不经传的爱唱歌的平凡女子，将她们培养成乐坛天后和天才新人，两个原本纯粹喜欢唱歌的女子，命运交错，经历数段刻骨感情的磨炼，重新确认自己的声音，找到自己的爱情。

　　刘建明（刘德华）在陈永仁（梁朝伟）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。
　　刘建明渐渐发现韩琛旧日的生意拍档沈澄（陈道明）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

　　1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。
　　重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。

　　1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

　　每天清晨都有一辆AE86在秋名山上漂移，而且速度快得惊人，这辆AE86属于藤原豆腐店。藤原拓海（周杰伦饰）每天清晨都要帮父亲藤原文太（黄秋生饰）把自家店里的豆腐送到秋名山上的旅店，但这并不是拓海想做的一件事。拓海还会在阿木（杜文泽饰）家开的加油站做兼职。中里毅（余文乐饰）向阿木的车队挑战，当中里毅在秋名山练习的时候，竟然被一辆AE86轻易爬过头，中里毅决定打听这辆AE86的消息，要跟他比赛一番。