刘建明（刘德华）在陈永仁（梁朝伟）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。
　　刘建明渐渐发现韩琛旧日的生意拍档沈澄（陈道明）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

　　1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。
　　重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。

　　1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

　　十七世纪西班牙皇室赠送给中国皇帝的礼物GAIA，而今虽然被分为森之瞳、灵之泉、命之翼三份，却依然价值连城，令人垂涎。出狱不久的江洋大盗张丹（刘德华饰）将目标锁定在这几件宝物上，他找到资深黑客小宝（杨祐宁饰）以及女贼叶红（舒淇饰），成功混进戛纳拍卖会场，在交手多次的法国警探皮埃尔（让·雷诺饰）鼻子底下偷走了命之翼，最终交到幕后老板金刚（曾志伟饰）的手上。连上坐牢前偷到的森之瞳，只差最后的灵之泉即可将GAIA重新合在一起。
　　而就在此时，皮埃尔找到当初遭到张丹背叛的前女友AmberLi（张静初饰），展开对大盗们新一轮的追捕……

　　江湖大佬洪仁就（刘德华饰）功成名就，无奈高处不胜寒，手下高佬（曾志伟饰）等人心怀鬼胎，似乎唯有多年来为其出生入死、情愿肝脑涂地的好兄弟左手（张学友饰）值得信赖。洪喜得贵子之际，得悉有人买凶取他性命。饱经风雨的洪冷静对待，坐看风起。曾几何时，混在江湖底层的翼仔（余文乐饰）目睹大哥死状，遂决心以死复仇。好兄弟铁臂（陈冠希饰）虽患其安危，却仍寸步不离，紧随其后。命中注定的终点，每前进一步都是那样艰难。
　　夜深人静，洪仁就与左手对坐用餐，觥筹交错，美食盛宴，哪管外面草菅人命，血流成河。凶险肃杀之夜，兄弟情义承受着最大的考验……

　　影片的故事背景设定在虫兽与人类20年持久战之后的一次偷袭。面对这一前所未有的灾难，人类战警挺身而出，与异形虫兽展开了一场生死搏斗，誓死守护人类家园。

　　韦峻轩（罗仲谦饰）间接害死了自己爱人胡家琳（朱锐饰）的父亲胡冠佑（刘松仁饰），既悔恨又不甘，但他又被韩朗（罗嘉良饰）威胁，不得不与之合作。峻轩本想联合卧底子弹（王阳饰）推翻韩朗，却不料韩朗私下爆出子弹好友伍永哲（梁汉文饰）乃峻轩所杀，挑动子弹对抗峻轩。子弹冲动之下向警方爆料了峻轩的黑警身份，峻轩被羁押，因证据被韩朗销毁而未被起诉，但他已永远失去了警察的身份。胡冠佑一死，胜联群龙无首，众人为权明争暗斗。家琳继承了胡冠佑的一切遗产，因担心异母弟弟洛威（朱鉴然饰），家琳自己也参与到胜联老大的竞争中。峻轩抓住了胜联内斗的机会加入胜联，其实这是缉毒科总督察张铤（吴廷烨饰）的计策，原来张铤重新和峻轩取得联络，让峻轩混入胜联再做卧底，与同事苏晴（梁靖琪饰）联络配合获取情报，戴罪立功。峻轩在胜联内遭受排挤，尤其旧情人家琳已经得知峻轩有份参与杀害她爸爸，和峻轩反目为仇。峻轩饱受打击，但在胜联顽强求存，屡立功劳，而且竭力向家琳解释，两人关系缓和不少。

　　韦峻轩（罗仲谦饰）是香港警队里一个见习督察，立志要成为史上晋升得最快的督察。一次扫毒行动中，峻轩碰上疑犯五折，公报私仇，让五折药物中毒。事后峻轩发现五折死亡，因此一直感到不安内疚，要靠心理医生胡家琳（朱锐饰）的治疗才能稍稍平复。
　　大陆警察江子丹（化名子弹）（王阳饰）前来探望好友，发现五折服用过量毒品堕楼身亡。子弹对此大感诧异，认为这是不可能的事，决定要找出真相，以证好友的清白。没过多久，子弹发现五折的死与一个香港黑道社团经营的贩毒网络有关，该网络正与外国贩毒集团勾结，筹划开拓中国这个庞大的市场！于是立即联络香港警方，两地联合部署行动，要捣毁这个跨境的贩毒集团。