我国某科研团队研究出海水淡化技术，遭国际科技犯罪组织觊觎，战风为科研团队导师戴兴国未过门的女婿，为保护这一技术和未来岳丈及妻子，引开暴徒，后遭袭击失忆。聂凌锋为戴兴国的得意门生，对其心生怨恨，关键时刻倒戈一击与犯罪团伙达成一致。聂凌锋将战风养在自己的豪华别墅内，又安排自己的侄女柳诗音对其精心呵护照料，他利用战风失忆，为他重新编写了一份人生履历，以套取科研技术数据的下落，最后落网。

影片讲述了一个暗黑到极致的复仇故事，功夫小子“武林”（岳松 饰）来到有着“罪恶之称”的冷城投奔自己的师兄李江（释彦能 饰），却意外成为冷城首富千金李菲菲（李宇菲 饰）的保镖，从而引起一场前所未见的腥风血雨……

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。