2017年，母星遭到毁灭的外星流亡者入侵地球。人类虽然用核武器打败对手，但也付出失去家园的惨痛代价。在接下来将近半个世纪的时光中，人类移民泰坦星（土卫六），不过仍有极少部分人类留在故土，扫荡残存的外星掠夺者。杰克·哈珀（汤姆·克鲁斯TomCruise饰）与维多利亚（安德丽亚·瑞斯波罗格AndreaRiseborough饰）即是留守者中的一员，他们的主要任务为保障遍布各地守护水萃取塔的无人机正常运行。看似永无止境的任务终于接近尾声，而就在此刻，不明飞行器坠落一处无人区。杰克在当地发现数名人类伤员，可是他们却遭到无人机的屠杀。危急时刻，杰克救下了一个名为茱莉亚（欧嘉·柯瑞兰寇OlgaKurylenko饰）的女子。
　　这一事件令杰克无意中知晓了掠夺者以及自身背后隐藏的秘密……

　　人类在与地球相似的遥远外星建立了新家园，但这个星球上却有一种病毒，男人感染后可以听到其他人和动物的心声，每个男人脑子里的想法都能被他人听到，人与人之间不存在隐私，新星球上的普伦提司镇的男人们就不堪忍受自己的想法被人听见。
　　托德·赫维特（汤姆·赫兰德饰）是出生于这座小镇的男孩，他的认知中小镇没有女人是因为该星球土著居民蓝光兽家园被人类侵犯时故意让人类感染了噪音病毒，他们还杀光了所有女性。托德对此深信不疑，直到他遇到一个女孩。
　　托德在小镇附近的森林里遇到了一个叫维奥拉（黛西·雷德利饰）的女孩，她来自遥远的地球，她的飞船因故坠毁在森林里，普伦提司镇的镇长在得知这个消息后立刻展开对他俩的追杀，托德为了保护女孩维奥拉只好一起出逃，开始了一段他意想不到且危机重重的星球冒险。

　　第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。

　　在人类的一项长久的计划中，30个少年被送往一颗新行星居住。但是在他们的船长离奇的死亡以后，年轻的船员们陷入了混乱的局面当中。在屈服于人类原始的兽性之后，这些少年分别集结成了不同的部落。

　　准作家麦斯过着完美的双重生活：白天担任杂志社自由撰稿者，晚上化身男妓赛巴斯汀为首部小说取材，在作品里谈性说爱。高潮与快感夜复一夜，文坛明日之星的横空出世亦指日可待。然而，当麦斯沉溺于性交易带来的灵感与刺激，身份曝光的危机竟也意外到来。急于抽身之际，他才惊觉小说和现实早已融为一体，唯有诚实面对渴望与恐惧，故事才可能继续下去⋯⋯

　　史密斯一家来到瑞典偏远的斯瓦尔塔岛度假，却因为不友好的当地人和奇怪的仪式而感到不安，他们试图好好享受岛上与世隔绝的自然美景，固执地想要忽视周遭的怪异。然而，随着节日的临近，这家人意识到有更邪恶的事情正在发生，并且他们还发现一个连环杀手正在这座岛上逍遥法外。

　　不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。
　　可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。.

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。