琴（法米克·詹森FamkeJanssen饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼HughJackman饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞HalleBerry饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安•麦克莱恩IanMcKellen饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授（帕特里克•斯图尔特PatrickStewart饰）和万磁王各自争取琴，她成为了改变异种人世界的关键人物…

　　第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。

2024年，变种人大幅减少，X战警已经解散。身心疲惫的暮狼罗根自愈因子逐渐消失，整天饮酒度日，并靠当司机养家。他在墨西哥边境隐居照顾着饱受病痛折磨的老X教授。有一天，一位陌生女子让罗根去载一个叫劳拉的女孩去加拿大边境，一开始罗根拒绝了，但查尔斯一直在等着这个女孩的出现，劳拉拥有超强的战斗力，而且在许多方面都很像金刚狼。她被一个强大公司的幕后人物所追踪，因为她的DNA里有着连接罗根的秘密。一场无休止的追捕开始了……

奇异博士斯蒂芬·斯特兰奇正在参加他的单恋对象克里斯汀·帕尔默的婚礼，这时外面的街道上出了乱子。一只巨大的章鱼怪正在跨越维度追逐名叫阿美莉卡·查维兹的女孩。奇异博士和王联手救下女孩，并得知阿美莉卡遭追杀是因其拥有穿越平行宇宙的能力，不过她无法真正控制自己的能力。奇异博士怀疑这其中涉及巫术，遂向旺达求助。不料，正是因失去孩子而悲痛的旺达要不惜一切代价生活在她仍然有孩子的宇宙中，才给奇异博士、王和阿美莉卡带来了一系列的大麻烦.