托马斯（迪伦·欧布莱恩DylanO'Brien饰）、米诺（李基弘KiHongLee饰）一行人被带到一座神秘的庇护所，这个机构由表里不一的詹森（艾丹·吉伦AidanGillen饰）所管理，詹森为他们提供安稳且舒适的环境，并下令让幽地斗士们在医疗实验室中接受一连串的测试，詹森向托马斯保证将会把他们送到更加安全的保护区与其他对“闪焰症病毒”免疫的年轻人一同居住。察觉事有蹊跷的托马斯决定再次带领他的伙伴们逃出詹森的掌控，然而等待他们的，却是比迷宫更加危险的焦土。
　　影片改编自詹姆斯·达什纳撰写的同名反乌托邦科幻小说三部曲的第二部。

托马斯（迪伦·奥布莱恩饰）率领的林间斗士在经历了迷宫逃脱和末日丧尸的生死考验后，终于迎来最后的正邪较量。由托马斯、纽特（托马斯·桑斯特饰）等人领军的营救团队，耗时三年筹划营救被抓走的米诺，却意外地发现米诺不在劫获的那截火车上。经调查得知，米诺深陷在WCKD组织的控制之中，托马斯和纽特毅然决定起身前往被称为“最后之都”的人类最后净土，更不惜利用背叛林间斗士投身WCKD的特蕾莎（卡雅·斯考达里奥饰）闯入WCKD，营救米诺和其他人。