身为博学派的领导人，珍宁（凯特·温丝莱特 Kate Winslet 饰）对分歧者翠丝（谢琳·伍德蕾 Shailene Woodley 饰）和老四（提奥·詹姆斯 Theo James 饰）展开了无情的追杀，翠丝的父母在追杀之中双双死去。　　两人一路逃亡，并且不断的试图获取其他派系同仁的支援和结盟，想要扩大实力，推翻珍宁的残暴统治。让两人没有想到的是，曾经最一无是处的无派系阵营如今成为了革命的中坚力量，而反抗军的首领，竟然是老四失散多年的母亲伊芙琳（娜奥米·沃茨 Naomi Watts 饰）。然而，种种意外的发生令老四开始怀疑自己的母亲实际上另有打算，与此同时，翠丝亦发现了父母生前所隐藏的秘密。以这个秘密为诱饵，翠丝孤身一人来到了敌人大本营。

亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。

派系制度瓦解了，老四（提奥·詹姆斯 Theo James 饰）的母亲伊芙琳（娜奥米·沃茨 Naomi Watts 饰）成为了墙内世界的统治者，她利用强悍而又严格的武装力量控制墙内居民，不允许他们越雷池一步。可偏偏翠丝（谢琳·伍德蕾 Shailene Woodley 饰）和老四不信这个邪，他们坚信，未来和希望是属于墙外世界的。　　于是，两人带领着克里斯蒂娜（佐伊·克拉维兹 Zoe Kravitz 饰）、皮特（迈尔斯·特勒 Miles Teller 饰）和托里（李美琪 Maggie Q 饰）等人突出重围，终于来到了高墙的那一边。在那一边，基因局收留了翠丝一行人，表面看来基因局扮演的俨然是正义的一方，但实际上，其负责人大卫（杰夫·丹尼尔斯 Jeff Daniels 饰）怀揣着极大的野心，隐藏了一个惊人的秘密。