或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊……
　　本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。

　　超级盗贼集团TheWorks的老大托马斯•道森（尼克•泰特NickTate饰）即将归隐，在选拔继承人的晚宴上，突然一伙不明身份的暴徒闯了进来大开杀戒。托马斯被一向与鲁邦（小栗旬饰）势同水火的迈克•李（言承旭饰）劫持，之后更被其同伙杀害。一年后，鲁邦三世遭到峰不二子（黑木明纱饰）的暗算被钱形警部（浅野忠信饰）抓获。钱形向其透露了迈克的下落，以及迈克手中的光之项链和黑社会帝王普拉穆克（NirutSirichanya饰）手中的深红宝石的交易信息。巧妙逃脱的鲁邦集结了不二子、次元大介（玉山铁二饰）、石川五卫门（绫野刚饰）、皮埃尔（金俊饰）等人，准备将埃及艳后的绯红之心双双盗取。
　　一场激烈的盗贼攻防战拉开帷幕……