在GPS与芹泽军团的恶战之后，铃兰高中进入短暂的和平期。芹泽多摩雄（山田孝之饰）让出老大宝座，泷谷源治（小栗旬饰）则持续向恐怖的林田惠（深水元基饰）发起冲击。8个月时间转瞬即逝，铃兰与宿敌凤仙学院的风波再起。
　　两年前，川西仁（阿部進之介饰）所率领的铃兰军团与美藤真喜雄率领的凤仙学院展开大战。混战中，川西刺死真喜雄，他也随后被送入少管所。为防止伤亡进一步增加，铃兰和凤仙签订了停战协议。两年后，川西出狱，遭到凤仙学院的追杀。芹泽出面阻挠，泷谷的介入更摧毁双方的停战协议。继承了真喜雄遗志的鸣海大我（金子ノブアキ饰）和美藤龙也（三浦春馬饰）决定以此为契机彻底摧毁宿敌铃兰高中……

　　或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊……
　　本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。