琴（法米克·詹森FamkeJanssen饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼HughJackman饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞HalleBerry饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安•麦克莱恩IanMcKellen饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授（帕特里克•斯图尔特PatrickStewart饰）和万磁王各自争取琴，她成为了改变异种人世界的关键人物…

　　21世纪初，一场瘟疫夺去了99%的人类生命，幸存者们依靠科学家古德查德的发明，建造孤城布瑞拉格维系文明。时间过去四百年后，部分市民不满古德查德政权独裁统治与持续发生的失踪案，组建武装力量魔力党（Monicans）对抗。
　　女战士伊恩（查理兹·塞隆CharlizeTheron饰）是魔力党中实力顶尖的人物，在完成破坏古德查德监控系统的任务中，伊恩目睹了被对方杀害的亲妹遗体，伊恩在怒火添胸时得到了刺杀古德查德首脑特雷弗的指令，但当她与特雷弗面对面时，对方呼唤“凯瑟琳”这个名字让她陷入混乱的记忆无法行动。伊恩脱身后着手调查这座城市的真相，发现一直以来的失踪案与克隆计划息息相关，而布瑞拉格运行的基础便是复制人类。伊恩的发现很快引起连锁反应，将各方势力卷入其中……

　　儿童临床医学家凯瑟琳•迪恩（珍妮弗•洛佩斯JenniferLopez饰）供职于一家研究大脑的医疗研究机构，她的任务是通过高技术手段陷入幼年患者的梦境中，治愈她们幼小心灵中的疮疤。
　　警方接到报案，说当地有很多幼女失踪。负责此案的FBI探员（文斯•沃恩VinceVaughn饰）断定，此举为一个连环作案的变态凶手所为。经过调查，警方锁定了犯罪嫌疑人——卡尔•斯塔格（文森特•德奥诺费奥VincentD'Onofrio饰），但是苦于他守口如瓶，无法救出被他囚禁的女孩。这时，警方联系了凯瑟琳，希望她可以通过梦境的方法，潜入犯人的大脑，找到受害者的所在位置。然而，事情远比想象得更加险象环生……

　　准作家麦斯过着完美的双重生活：白天担任杂志社自由撰稿者，晚上化身男妓赛巴斯汀为首部小说取材，在作品里谈性说爱。高潮与快感夜复一夜，文坛明日之星的横空出世亦指日可待。然而，当麦斯沉溺于性交易带来的灵感与刺激，身份曝光的危机竟也意外到来。急于抽身之际，他才惊觉小说和现实早已融为一体，唯有诚实面对渴望与恐惧，故事才可能继续下去⋯⋯

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　将女儿们送往冬令营，乔许与艾玛这对老夫老妻，终于获得睽违已久的一周假期。偷得浮生七日闲，原想重燃爱火大搞一场，结果发现性致不如以往。面对中年婚姻危机，两人决定积极处理：邀请同事三人行却不太行、去俱乐部找刺激却找到亲戚、嗑药助兴却力不从心提早泄气，还有骚包下属和暗恋老友在一旁搅局，眼看女儿们返家在即，他们到底能不能重拾性趣？