杰森·伯恩事件引起连锁反应，踏脚石（Treadstone）计划以及CIA用药物控制强化特工的行径通过报纸公之于众，令其幕后人物坐立不安。为了阻止满盘皆输的局面出现，CIA高层决定中止该计划，并将相关特工人员以及科学家从行动中抹杀。在此后的日子里，那些深藏在国家政治最底层、依靠蓝绿药丸执行各种绝密任务的特工相继殒命，而负责染脏双手的执行人——前美国空军上校艾瑞克·贝尔（爱德华·诺顿EdwardNorton饰），正慢慢将屠刀伸向隐藏在位于阿拉斯加崇山峻岭、暴雪深山中的特工艾伦·克劳斯（杰瑞米·雷纳JeremyRenner饰）。
　　突如其来的炮火袭击令艾伦意识到自己所处的危险境地，在之后的日子里，他不仅要在昔日同伴的追杀中求生，还必须设法找到那曾为他提供源源不断体能和智力的蓝绿药丸……

　　经过上一集的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙饰）和女朋友玛丽（弗兰卡·泼坦特饰）隐居在印度偏僻的海边小镇，想忘记以前的生活。一天，神秘组织的杀手来到小镇，打破了伯恩二人世界的宁静，女友玛丽在逃亡途中被枪杀。
　　为了查出真相，伯恩重新开始战斗，他发现以前工作的中情局开始重新寻找他，自己被卷入了一场刺杀活动中，被人诬陷破坏了中情局的一次情报交易，杀害特工。伯恩别无选择，他只能找到冒充自己的人，才能洗刷清白，为女友报仇。

　　失去了心爱的女人，波恩（马特•戴蒙饰）面临更为艰难的日子，他努力回忆，却只能在睡梦中被脑海里一知半解的闪回所惊醒，依然无法记起自己的身份。
　　但是波恩注定不是平凡人，不等他冷静下来好好“寻找回”自己真正的身份，中情局派出的杀手又接踵而至。在接连的几次较量之后，杰森•伯恩终于被彻底激怒，决定反戈一击——他主动追击杀手，到过莫斯科、马德里。巴黎，也在伦敦和丹吉尔做过停留。
　　随着问题一个一个解决，杰森回到了纽约，在那里，他将会找到一切的答案，寻回自己的身份。