上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　哈利波特是一个孤儿，从小寄养在姨妈家，受尽欺凌。但就在哈利11岁生日的时候，他意外收到了霍格沃茨学院的入学通知书。哈利从该学院派来接他的巨人海格口中得知，这是一间魔法学院，并得知了自己的身世，原来哈利的父母都是伟大的魔法师，在对付伏地魔的战斗中双双献身，唯有哈利幸免于难。
　　哈利进入霍格沃茨后，表现出了超乎想象的飞行天赋，得到麦格教授的推荐进入了格兰芬多的魁地奇球队。另一方面，哈利发现霍格沃茨学院内有一股黑暗势力似乎在暗暗滋长，揭开谜团的关键就在有凶恶的三头犬守护的房间内。
　　哈利、罗恩和赫敏三个好朋友决定探个究竟。

　　哈利波特（丹尼尔•雷德克里夫DanielRadcliffe饰）结束了假期，即将回到霍格沃兹继续学习魔法。一个叫多比的家养小精灵警告哈利不要回到霍格沃兹，否则会陷入极大的危险。哈利没有听从多比的劝告，回到了霍格沃兹。很快，霍格沃兹发生了一连窜怪事:接二连三出现学生被石化，一直找不出原因。而哈利总能听到一种奇怪的声音，从墙壁里传出来。
　　传说，霍格沃兹有一个密室，里面记录着伏地魔年轻时的秘密，只有斯莱特林的人才能打开密室。哈利偶然发现自己能听懂蛇说话，一时传闻是哈利打开了密室。难道多比所指的危险就隐藏在密室？

　　哈利（丹尼尔·雷德克里夫）即将在霍格沃兹渡过第三个年头，此时在阿兹塔班却传出恶棍小天狼星（加里·奥德曼）越狱的消息。据说小天狼星正是背叛哈利父母的好友，他的教父，而这次小天狼星越狱似乎正是为了找他。哈利的心里悄悄的滋生了为父母报仇的想法，期待着小天狼星的出现。
　　新来的魔法老师卢平（大卫·休里斯）有着桀骜不驯的个性，与哈利关系很好，教了哈利许多实用的黑魔法防御知识。而此时在他的魔法地图上却出现了一个神秘人物，虫尾巴。偶然的机会下，在尖叫棚屋里集齐了哈利父亲当年的所有好友，卢平、虫尾巴、小天狼星，哈利的魔杖直指向小天狼星，但他发现那罪犯看他的眼神里充满了疼爱……

　　这是一个不同寻常的学期，魔法学校的盛事：三强争霸赛在霍格沃茨举行。学生们争先报名，希翼获得永恒无上的荣誉。火焰杯在选出三所学校的三名勇士后，竟将未足年龄的哈利也挑选出来。
　　哈利（DanielRadcliffe饰）的当选引起其他学生的嫉妒连连，就连铁哥们罗恩（RupertGrint饰）也首次和他闹起了别扭，哈利感到孤立无援，还好有教父小天狼星和赫敏一直支持他。可总有些好事者如记者丽塔等着看他的好戏。天知道这场比赛是何等艰辛危险，在龙的眼皮下偷蛋，潜入湖底救人，在迷宫中探险……一不小心，甚至可能付出生命的代价。
　　黑魔王伏地魔的威胁渐渐显现，每一天都险象环生，动人心弦。

　　逃过摄魂怪的追杀，通过魔法部的审查，哈利（丹尼尔·雷德克里夫）终于回到美丽的霍格沃兹。然而这个学期并不轻松，他不仅要完成魔法等级考试，还要应对夜晚的噩梦和黑魔法防御课老师乌姆里奇的打压。在好友的支持下，哈利秘密组建了邓不利多军团，与大家一起练习黑魔法防御术。
　　噩梦中，哈利总是以伏地魔的视角出现，似乎他们之间有着某种神秘的联系。在邓不利多（迈克尔·刚本）的指示下，哈利向斯内普教授（阿伦·瑞克曼）学习封闭术，却鲜有成效。终于在一次噩梦的诱使下，哈利偏执的赶往魔法部营救小天狼星，却不想陷入伏地魔的圈套，引发凤凰社与食死徒之间的正面冲突。在混战中，小天狼星（加里·奥德曼）不幸遇难。
　　究竟哈利与伏地魔（拉尔夫·费因斯）之间有着怎样的联系？在悲恸中，邓不利多为哈利揭开谜底，哈利还有更长、更艰难的路要走……

　　这一集中，食死徒开始肆无忌惮横行于麻瓜和魔法两个世界中，霍格沃茨内忧外患，危机重重。邓不利多（迈克尔·甘本MichaelGambon饰）带着哈利（丹尼尔·雷德克里夫DanielRadcliffe饰）辗转找到隐居多年的霍拉斯·斯拉格霍恩，请他出山接替斯内普（艾伦·里克曼AlanRickman饰）担任魔药学的老师。霍拉斯曾经教授过无数优秀的学生，而汤姆·里德尔——伏地魔——正是他最出色的一名弟子。邓不利多深信霍拉斯保有伏地魔不死身的秘密，他希望哈利能够说服霍拉斯。
　　另一方面，德拉科·马尔福（汤姆·费尔顿TomFelton饰）宣誓效忠伏地魔，他想方设法将食死徒引入霍格沃茨。而此时，罗恩（鲁伯特·格林特RupertGrint饰）、赫敏（艾玛·沃特森EmmaWatson饰）他们却还沉浸在青春的躁动中，全然不知黑暗正渐渐逼近……