这一回，聪明勇敢的卡门（阿丽夏·潘娜维加 Alexa PenaVega 饰）遭遇到了前所未有的危机，她的精神被一位疯狂的玩具制造商（西尔维斯特·史泰龙 Sylvester Stallone 饰）困在了他一手制造的虚拟游戏世界中。　　为了救出卡门，朱尼（达里尔·沙巴拉 Daryl Sabara 饰）英勇的挺身而出，他加入了一个以攻略此游戏为目标而组建的游戏测试小组之中，这里汇聚了很多和他一样厉害的孩子们。进入了虚拟的世界，朱尼不仅要面对游戏中一个又一个古怪而又艰巨的关卡任务，更得时时留意幕后黑手玩具制造商所分裂出来的五种迥然不同的人格。最终，在祖父（里卡多·蒙特尔班 Ricardo Montalban 饰）和朋友们的帮助下，朱尼是否能够战胜强大的对手，救回卡门呢？

邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……

马戏团主任艾蒙多（里卡多·蒙特尔班 Ricardo Montalban 饰）收留并保护了一只孤苦无依的猩猩，取名凯撒（罗迪·麦克道尔 Roddy McDowall 饰）。在艾蒙多无微不至的关怀下，凯撒渐渐长大，它和“父亲”艾蒙多之间的关系十分亲密。　　一场病毒的肆虐让猫和狗在地球上绝迹了，失去了最忠诚的朋友们，需要动物们陪伴的人类将目光转向了和他们极为相像的猩猩，就这样，饲养猩猩当做宠物成为了新的时尚。然而，人类的残暴本性使得这些原本温顺善良的猩猩们生活苦不堪言，它们被折磨虐待，永远的失去了自由。终于，猩猩们决定不再忍耐，在凯撒的带领下，它们英勇起义，发誓定要推翻人类的压迫和统治。