美国海军下属“海豹”特种突击队队长沃特斯（布鲁斯·威利斯BruceWillis饰）带领一支小分队前往非洲密林执行命令：把在当地进行紧急医护工作的莱娜医生（莫妮卡·贝鲁齐MonicaBellucci饰）营救出来。小分队很快找到了莱娜医生，但在最后关头莱娜医生提出要把这里的70个难民一起转移的要求，否则自己也不会离开。沃特斯犯难了，非洲原始丛林天险众多，而且有剧毒莫测的野生动物，小分队人数不够，如何带着70个老弱病残逃离？然而人道主义最终打了胜仗，这支小分队在前有丛林、后有追兵的情况下带领这浩浩荡荡几十人开始了转移的道路，一个接一个的士兵倒下，生命的价值在这里人人平等。

　　这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。