斯蒂芬·莫滕森（杰弗里·拉什 饰）是一名老年法官，在一次近乎致命的中风导致他部分瘫痪后，他搬进了一家养老院。在那里，莫滕森与另一位居民发生了冲突，戴夫·克里利（约翰·利思戈 饰）有点不合群，他用一款名为“珍妮笔的规则”的虐待狂玩偶游戏秘密恐吓居民。虽然它应该用于痴呆症治疗， 但在克里利的手中，木偶是一种折磨工具。随着Crealy的行动升级，Mortensen必须与自己衰老的身体和心灵作斗争，以结束Crealy恐怖统治。

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　一对父母出于未知原因，突然对自己的孩子变得极其暴力，在这疯狂的24小时里，年轻的女孩和弟弟必须独自求生…

　　第二部在延续第一部风格的同时，故事呈现出多线发展的格局，情节有了更高的观赏性。
　　第一部结尾，博罗米尔被强兽人杀死之后，两个霍比特人皮平和梅利也被强兽人绑架，阿拉贡、精灵莱戈拉斯（奥兰多·布鲁姆饰）、侏儒金利一路追踪强兽人，营救皮平和梅利，遇到了“复活”的白袍巫师甘道夫（伊恩·麦克莱恩饰）。此时，投降索伦的白袍巫师萨鲁曼控制了人类洛汉王国的国王，并派出大量的强兽人军队，准备消灭人类。阿拉贡、莱戈拉斯和金利在甘道夫的带领下，帮助洛汉王国对抗邪恶力量的入侵。
　　幸运的皮平和梅利被会说话的树精救了出来，并且遇到“复活”的甘道夫，在甘道夫的授意下，树精保护了两人的安全，并且带他们参加树精大会，大会上，树精们讨论对待中土大战的态度：是继续当中立者，逆来顺受，还是奋起反抗？
　　身负重任的佛罗多（伊利亚·伍德饰）和山姆继续向末日山脉前进，一路上被咕噜跟踪，弗罗多依靠至尊魔戒的力量，成为了咕噜的主人，在咕噜的带领下，他们到了末日山脉的入口，黑门。就在他们准备进入之时，博罗米尔的弟弟法莫尔出现，将他们带回了刚铎。弗罗多又遇上了新的危机：法莫尔想利用至尊魔戒的力量对抗萨鲁曼的攻击……

　　聚焦《猎魔人》事件前1200年的精灵世界和文明，探索第一个猎魔人的起源，和什么事件导致了著名的大灾难“世界交汇”：人类、怪物、精灵的世界会合而为一，大量知识永久消失，历史被改写。