乌鸦学校铃兰高中，新一学年战火再燃。强大可怕的强罗彻（柳乐悠弥饰）接连摧毁对手的挑战，一步步朝着铃兰的顶点迈进。与此同时，干掉焚八商业四天王的镝木旋风雄（东出昌大饰）转学来到铃兰，脑瓜灵光的小岐须健一（胜地凉饰）等人便将宝压在旋风雄的身上，期待他和强罗的最终对决。拳哥（矢部享佑饰）辗转回来，当初他最疼爱的老大的儿子加贺美辽平（早乙女太一饰）则已成为铃兰的一年级生，更因击倒强罗而声名鹊起。与此同时，黑咲工业老大柴田浩树（岩田刚典饰）的发小兼宿敌藤原一（永山绚斗饰）走出看守所，在黑道的指示下勾结暴走族ODA对黑咲和铃兰分别展开狩猎，而他和加贺美联手则将战火推向顶点……
　　本片根据高桥弘的同名原作漫画改编。

　　铃兰男子高中是一所恶名远播的学校，这里聚集着一群嗜好打架的不良学生，他们因象征着流血等不吉利事件，而被称为“乌鸦”，为争夺学校霸权，他们又分为诸多派系，其中最强悍的两股势力为：芹泽多摩雄（山田孝之饰）所带领的芹泽军团，转校生泷谷源治（小栗旬饰）和地头蛇片桐拳（矢部恭介饰）联手的新力军。随着两派矛盾的激化，源治和芹泽两大乌鸦军团决一雌雄的时候即将到来……

　　圣诞夜，退役自行车选手Gin，性倒错者花，离家出走的少女美由纪三人在东京的雪夜中无所事事。这时，他们发现垃圾堆中有一位哭泣的弃婴。孩子的襁褓中仅有一个酒吧的名片与照片。婴儿的父母身份成了谜团。花想收留孩子，并将孩子取名清子。但另外2人表示反对。于是三人开始了寻找清子父母的旅程。圣诞夜幸福的气氛，伴随的却是怀中清子的哭泣。无家可归的三个人，开始为同样无家可归的清子找寻属于她的家。这一队流浪者，在一夜经历了诸多奇妙的事件。他们能找到清子的父母吗？

　　柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。
　　大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。
　　开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

　　知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。
　　不久，柯南连接数通向新一挑战的电话，对方均告知他已在某地放置会在某时爆炸的炸弹，柯南将危机一一化解后，开始与警方、毛利一起分析到底是何人所为。电视报道其中最为轰动的爆炸案时，柯南由画面联想到所有炸弹放置的地点附近均有森谷帝二自认不完美的作品，心中一惊。众人拜访森谷帝二时，柯南暗中将他的宅邸查看，找出凶犯正是他的证据，原来他是狂热的完美主义者，想亲手毁掉年轻时因妥协设计出的不绝对对称作品，并借机报复没令他的宏伟设计夙愿在西多摩市达成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大楼亦是他不完美的作品，小兰正在那里等新一赴约。

　　在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？

　　在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？

　　以短篇集的形式，推出两篇人气故事“唤石”与“可疑访客”。讲述天生拥有能够看见妖怪能力的夏目，和强大妖怪“斑”组成跨越人与妖怪的组合，为夏目崭新的高中生涯带来众多不同的邂逅…
　　《唤石》篇
　　夏目在森林中遇见小妖怪－「三美」，据它说，它身负著名为「唤石」的职责，负责将具备神格名叫「岩铁」的妖怪从沉睡中唤醒。
　　不过猫咪老师和妖怪们垂涎任务完成后能得到的美酒奖赏，计画要夺取唤石一职。
　　夏目担心三美，决心出手相助――。
　　《可疑的访客》篇
　　田沼身边出现一位不可思议的客人。每天都会出现在他身边，只跟他说了一些话便离去。
　　夏目得知该位客人的真实身分是妖怪后
　　虽然很担心田沼，但田沼本人却对跟妖怪的交流乐在其中。
　　虽然这妖怪似乎无意作恶，但田沼的身体却日渐虚弱。