上世纪三十年代的粤省花城鱼龙混杂，隶属于神秘组织“黑峰”的首席教官林昊，为脱离组织控制在一次任务中假死逃脱，以医生的身份藏匿于城郊的吴家诊所，准备开始重新生活，但种种际遇却再次将他拖入漩涡中心。行医期间，林昊与叛逆的新人女警何心欣邂逅，他的身份也引起了何心欣的怀疑。随着花城各路案件的并发，林昊与何心欣的交往逐渐密切，两人在互相试探中情感升温，而他们处理的种种案件之间的关联，都指向二十年前的一场阴谋之下的瘟疫冤案，有关林昊的身世之谜也隐藏其中，真相呼之欲出……林昊决定再次站出来，携手女友何心欣，花城商会掌门人庄羽，海归西医小少爷曾帆，冷艳卓绝的女杀手冷月寒，以及诊所护士吴若蓝一同探寻真相，但对手始终暗藏背后，势力强劲，像一个黑洞欲将他们卷入深渊 。

自康熙十五年一场巨大的水患之后，年轻的康熙帝设科开举招纳治河贤才，二十四岁的落第举子陈潢脱颖而出，长于治河。年轻的康熙帝不拘一格，将他简拔而出。陈潢与同样有志于治河的靳辅搭档，跨越半个世纪的栉风沐雨，历经了康熙朝几次大政治风波。年轻敢言的陈潢死于奸臣结党的污蔑之下，临死前留下治河名著——《河防述要》。康熙五十一年，台湾收复，准格尔平定，黄河安澜，河水转清。康熙帝探访扬州，见到了河神庙。庙中塑着靳辅、陈潢的像，仁人志士，遗爱自在民间。

该剧讲述了明朝初年，国家开创盛世，扬威海外，经五帝六朝，一百年群星闪耀的热血往事，一段波云诡谲的金陵旧梦。明永乐元年，靖难之役，建文帝削发入山，行踪遂成千古之谜。建文旧臣，尽遭屠杀，御史大夫景清，夫妻罹难，长女若微，被副将孙愚所救，次女蔓茵，为太子朱高炽所救。骨肉同胞，一在宫中，一在江湖，同时长大。十年之后，若微图谋刺杀朱棣，妹妹蔓茵嫁入宫中，若微在刺杀中，遭遇皇太孙朱瞻基，目睹了金陵城波云诡谲的政治叛乱，苍茫暮色中，曲折隐微的帝王心事，国家正在从乱象中恢复，平关外，迁首都，通运河，郑和下西洋，扬威海外，编撰《永乐大典》，盛世将成。最终若微决心放弃个人仇恨，辅佐登上皇位的丈夫，为天下人谋取最大的幸福和安宁，她历经了五帝六朝，以自己的气度和智慧，数度救大明王朝于危难，在历史洪流中，孤身一人，溯流而上，见证了一个伟大时代的诞生。