这部影片是库布里克花了四年时间制作的充满哲学命题的鸿篇巨制。一块大黑石树立在史前人类的面前，他们刚刚开始认识工具，进入到进化的里程碑。同样的黑石还在宇宙多处出现，它们矗立在月球上，漂浮在太空中，带着某种神秘的寓意。
　　现在的时间是2001年，为了寻找黑石的根源，人类开展一项木星登陆计划。飞船上有冬眠的三名宇航员，大卫船长（凯尔·杜拉KeirDullea饰）、富兰克飞行员（加里·洛克伍德GaryLockwood饰），还有一部叫“HAL9000”的高智能电脑。HAL在宇宙飞行过程中发生错乱，令到富兰克和三名冬眠人员相继丧命，剩下波曼和这台电脑作战。
　　从死亡线上回来的大卫一气之下关掉主脑系统，HAL彻底失效。现在，茫茫宇宙中只剩大卫一人，向木星进发。穿越瑰异壮观的星门，大卫仿佛去到一个奇特的时空，那里有人类无尽的生死轮回和宇宙的终极知识……

　　圣诞节将至，一间地处偏远的小木屋里，波特（拉菲·斯波RafeSpall饰）和马特（乔恩·哈姆JonHamm饰）同坐一桌，用红酒和烤土豆庆祝这个银装素裹的节日。波特沉默寡言，无精打采，而马特却恰恰相反，为了逗波特讲话，他向波特讲述了自己的过去。
　　曾经的马特是一名“恋爱导师”，他通过摄像头和网络“远程操控”他的客户，让这些平日里无人问津的“宅男”们能够在派对山成功抱得美人归。然而，一场意外让马特决定永远离开这个他经营得风生水起的行当，此间究竟发生了什么？听了马特的叙述，波特终于决定向马特讲述自己的故事，这个故事关乎于他和他的女友，但并不完全关乎于爱情。

　　不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。
　　可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。.

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

检察官哈维·登特（艾伦·艾克哈特 Aaron Eckhart 饰）死后的八年间，哥谭市在戈登警长（加里·奥德曼 Gary Oldman 饰）的努力下有效地遏制了犯罪活动。而蝙蝠侠布鲁斯·韦恩（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）因为背负谋杀登特的罪名，被 警方通缉，在哥谭市销声匿迹。然而，这看似平静的状态被恐怖分子贝恩（汤姆·哈迪 Tom Hardy 饰）的出现打破，他利用猫女（安妮·海瑟薇 Anne Hathaway 饰）偷取布鲁斯的指纹，致使韦恩集团面临破财，布鲁斯被赶出董事会。为了保证韦恩集团投资的能源项目不被坏人利用制造核弹，布鲁斯帮助米兰达（玛丽昂·歌迪亚 Marion Cotillard 饰）成为董事会主席。贝恩接下来一连串精密设计的计划将哥谭市陷入孤绝之境，毁灭之日指日可待。布鲁斯只能再次肩负起拯救哥谭的重任，然而至亲的管家阿福辞职离开、猫女的背叛、贝恩的凶残手段，爱人米拉达的真实面目露出，都让他拯救哥谭的行动变得不可能……

　　阴云密布的高谭市，自蝙蝠侠消失的十年里，变种人团伙为非作歹，变本加厉，将这座繁华城市变成充满恐怖和凶杀的罪恶王国。嫉恶如仇的吉姆·戈登探长（大卫·塞尔比DavidSelby配音）行将退休，却不免成为变种人下一个袭击的目标。随着双面人哈维·登特（韦德·威廉姆斯WadeWilliams配音）走出精神病院，高谭市被带入更加阴冷的黑暗之中。与此同时，富翁布鲁斯·韦恩（彼得·威勒PeterWeller配音）置身事外，享受着养尊处优的上流生活。而旧日记忆的复苏，一步步引导着他再次拿起搁置已久的战斗服。夜幕降临，老态龙钟的蝙蝠侠穿梭城市的阴暗角落，以无情的手段惩治恶徒。
　　正义战士归来，正邪之争日趋白热化……