千寻和爸爸妈妈一同驱车前往新家，在郊外的小路上不慎进入了神秘的隧道——他们去到了另外一个诡异世界—一个中世纪的小镇。远处飘来食物的香味，爸爸妈妈大快朵颐，孰料之后变成了猪！这时小镇上渐渐来了许多样子古怪、半透明的人。
　　千寻仓皇逃出，一个叫小白的人救了他，喂了她阻止身体消失的药，并且告诉她怎样去找锅炉爷爷以及汤婆婆，而且必须获得一份工作才能不被魔法变成别的东西。
　　千寻在小白的帮助下幸运地获得了一份在浴池打杂的工作。渐渐她不再被那些怪模怪样的人吓倒，并从小玲那儿知道了小白是凶恶的汤婆婆的弟子。
　　一次，千寻发现小白被一群白色飞舞的纸人打伤，为了救受伤的小白，她用河神送给她的药丸驱出了小白身体内的封印以及守封印的小妖精，但小白还是没有醒过来。
　　为了救小白，千寻又踏上了她的冒险之旅。

　　云飞雪的父亲云天罡与哥哥云飞山在八年前在护送龙脉的任务中惨遭暗算，云家血脉仅剩年幼的云飞雪，而云飞雪也被一股神秘的力量所寄生，那股力量竟与云飞雪合二为一，并幻化出一个与他一模一样的幻影，幻影寄生于云飞雪的意识之中，时刻准备着积蓄力量，吞噬掉他的神魂。刚刚压制住体内幻影的云飞雪收到父兄惨死的噩耗，心知若想为亲人报仇，重振云家，只有韬光养晦，隐藏实力。他明里游手好闲，背地里却聚集了一个名叫“暗影”的组织，暗中调查当年谜案。
　　在潜龙城看似无忧无虑的生活中，其实危机四伏。经过调查，云飞雪找到了当年的线索，顺藤摸瓜找到了当年幕后操控的组织——金龙卫！此时的金龙卫已经不再是皇帝身边值得信任的护卫组织，而是由前朝宦官李圣义操控，以当朝太子为傀儡的邪恶组织，其势力遍布庙堂与江湖。于公于私，云飞雪都要铲除这个祸害人间的组织，但金龙卫实在太过强大且行事缜密，目前云飞雪的实力还不足以与其对抗，只能暗中破坏其计划。
　　但金龙卫的势力已经越来越嚣张，先是暗中出手，灭了东夷一族，强抢增元强体的玄元丹。而后金龙卫的走卒肖无夜也暗中设计离间云飞雪和伙伴文青青，利用文青青来对付云飞雪。另一边金龙卫设计坑害了一直帮助云飞雪的冰城公主——薛思雨，薛思雨被家里强行召回。金龙卫对云飞雪也有所怀疑，将所有的矛头都指向了他，他明白不能再坐以待毙下去。通过“暗影”，云飞雪得知消息，金龙卫不久后在千幻岛与叶家有一场神秘交易，在千幻岛上云飞雪帮助叶家赢得了玉脉，渡过难关，从而和叶家少主——叶轻羽结为兄弟。通过叶轻羽，云飞雪得知，金龙卫一直在暗中搜寻珍贵宝物来帮助圣主——一本李圣义用来修炼的神秘武功秘籍，而这本秘籍居然是云飞雪失踪多年的母亲所留下的。与此同时云飞雪打探到，哥哥云飞山似乎还活着。父亲云天罡的死，居然和自己的哥哥有关，似乎围绕自己的谜团越来越变得诡异，云飞雪这时才发现，早在八年前，一个针对自己的阴谋早已经悄然展开……

　　这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。