剧集以隐形任务战略部队及反恐特勤队作为剧集主题，讲述一众反恐精英与不法份子掀起连场激斗的故事。

　　丐帮帮主乔峰（黄日华饰）英雄盖世、义薄云天，与燕王后裔慕容复（张国强饰）并称“北乔峰，南慕容”。时值江湖上突发多起命案，乔峰在帮助慕容复洗刷嫌疑的同时，却不想被丐帮的阴谋党揭发了自己的身世之谜，更因此被逐出丐帮。乔峰在追寻江湖命案和自己身世之谜时，与慕容复的婢女阿朱（刘锦玲饰）患难见真情，结下共度一生的盟约，却最终因为两人误解阿朱的生父就是乔峰一直要寻找的“带头大哥”，而酿下不可挽回的悲剧……
　　另一方面，大理镇南王世子段誉（陈浩民饰）外出游玩，阴差阳错掉下悬崖进入琅嬛福地，段誉在洞中偶得“北冥神功”和“凌波微步”两部武功秘笈，也对洞中一幅画像中的“神仙姐姐”一见钟情。其后他闯入曼陀山庄，发现慕容复的表妹王语嫣（李若彤饰）长相与“神仙姐姐”一模一样，无奈王语嫣一直钟情于表哥慕容复。在步步跟随王语嫣和慕容复的同时，段誉不慎发现了慕容复的阴谋，而王语嫣也逐渐被段誉的深情所打动。
　　与此同时，少林寺小沙弥虚竹（樊少皇饰）偶遇了遭仇家追杀受了重伤的天山童姥，善良的虚竹背着童姥一起逃难，更演绎了一段武林奇遇……

　　段天涯（李亚鹏饰），归海一刀（霍建华饰），上官海棠（叶璇饰），成是非（郭晋安饰）是护龙山庄的四大密探，各自有着江湖众人无法匹及的绝技，效命于神侯朱无视（刘松仁饰）。此时因正德皇帝(邓超饰)痴傻，政局混乱，东厂趁乱把持朝政，迫害忠良。权倾朝野的东厂太监总管曹正淳(李建义饰)更是仗势欺人，处处与护龙山庄为敌。正在四人深陷于儿女情长和身世经历之时，当前形势急剧恶化，一件又一件命案直指护龙山庄，无形的阴谋笼罩着护龙山庄，神侯更是因为被奸人诬陷锒铛入狱。而神侯此时趁机设局假死，在四大密探联手合作下将曹正淳一伙连根除去。原本以为阴谋就此结束的四人此时却发现，原来皇帝的痴傻实为伪装，而身边最大的阴谋家正是养育他们长大，却窥探皇位二十多年的神侯！

　　军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。
　　此时主人公萨姆（希安·拉博夫ShiaLaBeouf饰）告别相恋的女友米凯拉（梅根·福克斯MeganFox饰），要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为了保护萨姆而牺牲，萨姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。
　　萨姆在自己室友里奥（雷蒙·罗德里格斯RamonRodriguez饰）和“机器战士”西蒙斯（约翰·托尔托罗 JohnTurturro饰）的帮助下，与女友米凯拉根据魔方碎片给萨姆的提示来到了埃及，他们在金字塔里发现了能量源。而此时，霸天虎的军队也赶到了埃及。军方此时有一小队人马也在西荤斯的要求下带着擎天柱的尸体来到了埃及，善恶双方力量在那片金色的沙漠展开了殊死搏斗。

　　“霸天虎”的先遣部队旋风和毒蝎袭击了美军位于卡塔尔的军事基地，与此同时，路障帮助他的搭档迷乱潜入了美国总统的座机空中一号，通过电脑获悉，要想找到威震天就必须找到维特维奇家族的那副眼镜，上面有威震天关于能量块的信息扫描，而它现在的拥有者萨姆•维特维奇（希安•拉博夫饰）成为了“霸天虎”攻击的目标。
　　萨姆是名高中生，学校里没有人相信他讲述的关于这副眼镜的历史，失望之余，萨姆把眼镜放到网上拍卖，然而从未引起买家的兴趣。这时父亲送了一辆破车给他，这辆车恰好就是“汽车人”大黄蜂的变形。大黄蜂帮助萨姆交上了漂亮的女朋友（梅甘•福克斯饰），但很快就遭遇了“霸天虎”的袭击，擎天柱带着其他“汽车人”赶到，一场机器人大战由此拉开了序幕。

汽车人和霸天虎连年不断的战争，给地球带来了莫大的伤害。为此，地球各国联合成立反应部队，针对变形金刚无论正邪一律绞杀。与擎天柱交往甚密的地球人凯德?伊格尔（马克·沃尔伯格 Mark Wahlberg 饰）不顾身边人的反对和政府的压力，以一己之力为大黄蜂、钢锁等汽车人提供庇护场所，期间他无意得到一枚徽章，从而将危机引向自身。失踪的擎天柱飘回赛博坦，被变形金刚的创造者昆塔沙捕获并黑化，命令他返回地球寻找至高无上的权杖，毁灭地球，复兴赛博坦。与此同时，威震天和地球政府达成协议，彼此联合追寻凯德及其盟友的踪迹，其目标同样是曾属于魔法师梅林的权杖。 　　地球真正的危机终于降临了……

当年那场惨烈的芝加哥大战，汽车人虽然成功击退了霸天虎的入侵，却也让地球人对他们失去了应有的信任与尊重。由美国中情局组建的“墓风”部队对所有的变形金刚进行无差别的猎杀，一时间汽车人和霸天虎全都在地球不见了踪影。某天，居住在得州的落魄机械发明家凯德·伊格（马克·沃尔伯格 Marky Mark 饰）买回来一辆破旧的卡车车头，谁知那竟是处在休眠中的汽车人首领擎天柱。嗅到气息的墓风部队蜂拥而至，苏醒后的擎天柱救走了凯德一家，也和散落在各个角落的汽车人相继取得联系。另一方面，疯狂的人类科学家从变形金刚的残骸中获知了他们变形的秘密，并企图借此制造出人造金刚，而脱胎自威震天的惊破天正是他们的得意作品以及催命死神。　　新一轮的危机卷土而来，地球面临更大的灾难……

距今50多年前，一艘来自赛博坦的飞船坠落月球，由此引发了美苏两国的太空竞赛。人类争相登上月球，只为一探飞船残骸中的秘密。时间回到21世纪初，经过几番征战，汽车人终于挫败霸天虎的入侵，继而与人类合作，共同保卫美丽的地球。然而发生在切尔诺贝利的事件却将尘封已久的月球计划重新摆到桌面。为了防止霸天虎找到能量柱为非作歹，擎天柱与战友飞赴月球，更从当年的飞船中救出了汽车人的先代领导者——御天敌。御天敌是能量柱的发明者，将上百根能量柱集合在一起便可制造太空桥，实现物质的瞬间传送。　　忙着找工作以及和女友卡莉（罗茜·汉丁顿-惠特莉Rosie Huntington-Whiteley 饰）经营爱情的山姆（希亚·拉博夫 Shia LaBeouf 饰）无可避免地卷入其中，他渐渐发现霸天虎的操纵一切的阴谋，却不知更大的阴谋和危机隐藏在那月影背后……