隶属于关东头号黑帮组织山王会的池元组头目（国村隼饰）曾在监狱与小组织村濑组头目（石桥莲司饰）结为兄弟。山王会野心勃勃，时刻觊觎村濑的地盘和毒品生意。在山王会若头加藤（三浦友和饰）的授意下，池元命令麾下的大友组向村濑组发起挑战。大友（北野武饰）的猛烈攻击和山王会老大（北村总一郎饰）的毒辣计谋令村濑节节败退，被迫退休，组内的生意也易作他主。
　　大友组人才辈出，若头水野（椎名桔平饰）和干部石原（加濑亮饰）亲自主持在某非洲国家使馆开辟赌场，一时间财源滚滚。然而风云变幻，在早已抛弃了传统仁义道德的黑帮社会，各种阴谋纷纷浮现，大友组风雨飘摇……

　　特工汉纳威（乔什·哈洛威JoshHolloway饰）执行任务时遇害，核机密文件被女杀手莫伦（蕾雅·赛杜LéaSeydoux饰）截获。为了找回文件，特工班吉（西蒙·佩吉SimonPegg饰）和特工简（宝拉·巴顿PaulaPatton饰）从俄罗斯监狱救出了伊桑·亨特（汤姆·克鲁斯TomCruise饰）。他们接受的幽灵协议任务便是从克林姆林宫盗取核军事密码。然而，当他们接近目标时，却发现被恐怖分子亨德里克斯（迈克尔·恩奎斯特MichaelNyqvist饰）捷足先登，抢走了核军事密码。在爆炸中，亨特受困医院，遭俄特工的追捕，幸好他身手矫捷，才化险为夷。不过，亨特的上司也在混乱中丧生，只剩下其助手布兰德（杰瑞米·雷纳JeremyRenner饰）与亨特死里逃生，加上班吉和简，逼上绝境的四人开始了最后一搏，从迪拜到印度，他们出生入死，与恐怖分子斗智斗勇……

　　伊森（汤姆·克鲁斯TomCruise饰）曾是任职于特殊部门的秘密特工，自从一位名叫茱莉亚（米歇尔·莫娜汉MichelleMonaghan饰）的美丽女子出现在他的生命里后，伊森决定金盆洗手，卸甲归田。遗憾的是，好景不长，幸福的生活还没过多久，伊森便接到了徒弟林德赛（凯丽·拉塞尔KeriRussell饰）被死对头戴维恩（菲利普·塞默·霍夫曼PhilipSeymourHoffman饰）掳走的消息。戴维恩冷酷又凶残，林德赛落入他的手中可谓是凶多吉少。
　　为了解救林德赛，伊森重操旧业，他组织了一支精干的特工小组，向着目标人物发起了进攻。让伊森没有想到的是，戴维恩的真正目标并不是林德赛，而是茱莉亚，当爱妻落入敌手之时，伊森会做出怎样的反击？

　　中情局获得情报，得知他们的特工中出了一个叛徒，准备将中情局布置在东欧的特工名单出卖给外国特工组织。在特工头目吉姆（乔恩•沃伊特JonVoight饰）的策划下，伊森（汤姆•克鲁斯TomCruise饰）所住的一组特工赶往了他们交易的地点。
　　岂料，当他们按计划赶到时，却中了埋伏，一组人中除了伊森和吉姆的妻子克莱尔，其他队员都被杀害。这时，伊森的账户无端端多出了12万美金。伊森成了内鬼的最大的嫌疑犯。
　　无奈之下，伊森只能凭个人之力独闯龙潭虎穴去找出出卖他们的内奸。他和外国间谍组织的接头人麦克斯取得联系后，答应帮麦克斯偷出中情局的间谍名单以交换中情局内鬼的名字。

　　导演率领拍摄组来到神秘的骷髅岛开始了一部电影的拍摄，女主角是漂亮娇小的安(娜奥米•沃茨NaomiWatts饰)，她在纽约的演艺事业陷入了低谷，这是她时来运转的大好机会。他们乘坐轮船来到岛上，却不知在岛上即将要险象横生。
　　正当导演要开始开机拍摄时，他们遭到了当地土著的袭击，几个随行人员遇难身亡。摄制组慌忙逃离，幸好起航离去，却发现不见了女主角安。
　　原来安土著野人抓走，被当作祭品。安尖声惊叫，引来了传说中骷髅岛的猩猩——金刚的关注。金刚在岛上很有霸气，连恐龙都要忌它几分。然而，野兽爱上了美人，金刚搭救安脱离困境，不料却让自己陷入了一场悲剧。

继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。

这两位宛如神衹一般强大的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。为了找到真正的家园，金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系。但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，也由此在全球引起了一系列破坏。一股无形的力量造成了这两只巨兽之间的巨大冲突，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开。