林肯（伊万•麦克格雷格EwanMcGregor饰）和乔丹（斯嘉丽•约翰逊ScarlettJohansson饰）以为他们生活在一个与世隔绝的社区里。据科学家说，他们是地球最后一批存活的人类。而在他们这个群体里面，将会抽签决定人选，派去一个世外桃源的小岛上面生活。然而在没选中之前，他们得忍受没有自由、备受监管的生活。
　　当林肯和乔丹“幸运”当选后，他们却发现了一个惊人的秘密——原来所谓的世外桃源岛根本不存在，而他们本身，也只是岛上居民克隆版本；他们前往小岛，迎接来的不是美丽生活，而是掏出他们的鲜活的器官，用以拯救人类。而林肯亲眼目睹了他的朋友，如何在手术刀下被解剖。
　　于是，林肯毅然决定和女友乔丹，踏上逃亡之路……

　　影片延续前作剧情，故事从“小丑”亚瑟（华金·菲尼克斯饰）被捕后展开，他在狱中等待着审判日的到来。然而，就在亚瑟与自己的双重人格缠斗之时，他不仅偶遇真爱，甚至还释放出一直潜藏在内心的旋律。