故事发生在1991年的迈阿密，讲述Dexter从学生成长为连环杀手的故事。

　　「你会自己铺床吗？」西蒙摇头否定。头部不自然晃动、声称缺乏自理能力的西蒙，在山上偶遇一队身心障碍青少年，很快地与他们打成一片，还与少年潘文成为麻吉，加入了他们的特教学校。他戴上助听器，做出相仿举止，在这里找到归属。跟着潘文，他习得身心障碍者的各种本领，两人厮混、闯祸，直到中心发现西蒙根本没有身心障碍证明文件⋯⋯

　　约翰的父亲弗兰克(丹尼斯•奎德DennisQuaid饰)死于30年前一次救火行动中。一次，翻看父亲的遗物时，约翰(詹姆斯•卡维泽JamesCaviezel饰)发现了30年前父亲使用过的一台老式无线电。在随手翻拨频段的时候，他竟然和一名年轻叫弗兰克的男子搭上了线。经过整夜长谈，约翰确定时空发生了错乱，这个弗兰克正是自己30年前的父亲。
　　约翰兴奋异常，顺利帮助父亲躲过了30年前的那场灾难。当他一觉醒来，惊讶地发现了相框中白发苍苍的父亲，他知道自己成功了。然而让人意想不到的是，历史一切都改写。约翰的拯救了父亲，而他的母亲却死于了多年前的一起连环杀人案。当约翰通过无线电再次联系30年前的父亲，意图让父亲阻止母亲被杀时，父亲却又意外成了嫌疑犯！

　　公元2020年，云集了无数顶尖科学家的世界空间站（WorldSpaceStation）正在进行一项载人飞船火星登陆计划。由卢克·格莱姆（DonCheadle饰）率领的4人小组成功抵达这颗无人星球，他们在此发现一些奇怪景象，随后小组成员也接连毙命。为了调查这起悲剧的原因并寻找可能的生还者，空间站派出伍迪·布雷克（蒂姆·罗宾斯TimRobbins饰）率领的救援小组前往火星。
　　然而救援小组也遭遇诸多磨难，船体损坏、机器失灵、燃料泄漏、成员死亡等等，无一不在消磨着救援人员的斗志。抵达火星后，布雷克他们找到了卢克船长，继而发现亿外年前外星人留在火星上的遗迹和信息，这一切都与人类有着千丝万缕的关系……

　　圣诞节将至，一间地处偏远的小木屋里，波特（拉菲·斯波RafeSpall饰）和马特（乔恩·哈姆JonHamm饰）同坐一桌，用红酒和烤土豆庆祝这个银装素裹的节日。波特沉默寡言，无精打采，而马特却恰恰相反，为了逗波特讲话，他向波特讲述了自己的过去。
　　曾经的马特是一名“恋爱导师”，他通过摄像头和网络“远程操控”他的客户，让这些平日里无人问津的“宅男”们能够在派对山成功抱得美人归。然而，一场意外让马特决定永远离开这个他经营得风生水起的行当，此间究竟发生了什么？听了马特的叙述，波特终于决定向马特讲述自己的故事，这个故事关乎于他和他的女友，但并不完全关乎于爱情。

　　不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。
　　可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。.

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。