与胡巴分别后，天荫（井柏然饰）带着小岚（白百何饰）踏上寻父之路，在义薄云天的天师堂堂主云大哥（杨祐宁饰）的帮助下，二人得知天荫父亲宋戴天的护妖轨迹；而重回永宁村的胡巴再度被妖王追杀，颠沛流离逃亡时结识大赌徒屠四谷（梁朝伟饰）和一只妖怪，三人一起过着相依为命的生活，但又因屠四谷欠下的巨额赌债横生诸多波折。与此同时，江湖盛传小妖王胡巴的重金悬赏令，妖界大军、天师精英、绿林草莽闻风而动，多方势力为抢夺胡巴在清水镇掀起腥风血雨。千钧一发之际，念子心切的天荫和小岚通过天师堂找到胡巴并一起逃离险境。岂料，一场更大的惊天阴谋尾随而至，伺机而动 。

《捉妖记2》中红色剪纸小人的形象变化，显示出影片在靠拢传统文化的努力，加上剪纸小人在特定场景中突然加戴上京剧里的头饰发冠，在视觉上加强了中国传统的辨识度。该片避免了生硬地重复迪士尼动画片的集体歌舞模式，角色歌舞秀仅在片头充任开场功能，而不再成为叙事中段的结构间隔，照顾到了非好莱坞观众的审美观看习惯。