清朝顺治十八年，天花在皇宫蔓延，顺治帝的董爱妃因此一命呜呼，顺治因痛不欲生而决意出家。此时，清帝国充满了内隐外忧。危急之际，孝庄太后（斯琴高娃饰）当机立断，将得了天花初愈的年仅八岁的皇子玄烨力推为皇室继承人，康熙皇帝登基了。康熙（陈道明饰）即位以后，手握兵权的鳌拜以权相逼，孝庄太后为了大局也只好暂时放权让鳌拜亲政。鳌拜的野心并不止亲政，他最终目标是图谋改朝换代，少年康熙机智过人，先以终日和一班少年嬉戏放松鳌拜警惕，随后邀约鳌拜进宫而乘机将其软禁，终于为大清除了一大隐患，保住了江山。随后，康熙更是励精图治，向隐忧以久的三藩开刀，开始一段除乱安内的康熙之治！

　　虽和五阿哥永琪（古巨基饰）最终结为连理，但是小燕子（黄奕饰）丝毫不改调皮顽劣的本性，伙同永琪、尔康（周杰饰）、紫薇（马伊俐饰）又惹出不少乱子，更时不时假传圣旨安排晴儿（王艳饰）和萧剑（黄晓明饰）见面。在此过程中，小燕子渐渐弄清了自己的身世，由此对永琪和一向亲近的皇阿玛产生了矛盾复杂的情怀。皇太后担心永琪的子嗣问题，遂将美女知画（秦岚饰）送到永琪身边，也使得小燕子和永琪之间产生更大的裂痕。不久，边疆发生战乱，尔康随军南下，他和紫薇也面临着生离死别的考验……
　　本片根据台湾著名言情小说家琼瑶的同名原著改编。