腿有残障的科学家桥本良晴（江口洋介）率领科学小组（大S、陈柏霖等）发明“孟结海绵”，捕获囚禁了一个十三岁男孩的鬼魂，为了查出该男孩的死因，以便自己死后也能变成类似的鬼，桥本良晴找来有超常能力的探员叶起东（张震），令其跟踪被放出去的男孩。最终，叶起东发现男孩是被他的亲生母亲杀害。                                                                      　　其后，叶起东从男孩的双眼间看到一条细丝，它似乎连接着某种神秘的力量。科学小组成员因为害怕男孩伤害他们，再次将他隔绝拘禁，不想因此扰动了细丝的另一端，更为恐怖凶残的力量被释放出，小组人员先后一一离奇死亡，叶起东与女友（林嘉欣）也受到该力量的追踪。

　　明治维新运动后十二年，日本迎来了新时代。曾经叱咤风云的刽子手绯村剑心如今已成为和平主义者，与朋友们一起在东京过着平静的生活。一天晚上，剑心最喜欢的餐厅遭到炮火袭击，只留下一张写着“人诛”的字条——有人准备替天行道，审判之日近在眼前。此人名为雪代缘，对剑心怀恨在心，带着一众手下前来复仇。目睹无数无辜之人被牵扯进这场残酷的斗争，剑心终将面临一场审判，并由此找到对过去的救赎。

　　进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也饰）当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后，深感背负不可推卸责任的剑心只身上路，在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤饰），还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。与此同时，相乐左之助（青木崇高饰）、神谷薫（武井咲饰）、明神弥彦（大八木凯斗饰）、斋藤一（江口洋介饰）也相继赶往京都。阴云密布的时代，酝酿着一场席卷全国的风暴……
　　本片根据和月伸宏的经典漫画原作改编。

　　幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。
　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。
　　来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……

　　为了救神谷薰（武井咲饰），绯村剑心（佐藤健饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介饰）的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决……
　　本片根据和月伸宏的同名经典漫画改编。