知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

　　枪杀刑警片冈后，大友（北野武饰）在韩国代理人张会长（金田时男饰）的庇护下亡命济州岛。这个远离日本江湖的极道，却因某起事件和花菱会少壮派花田（皮埃尔泷饰）起了冲突。此时花菱会由前任会长的女婿野村（大杉涟饰）统领，作为若头的元老西野（西田敏行饰）则根本不买这个外行老大的账。故而，怀恨在心的野村密谋借此次“济州岛事件”除去西野，并嫁祸张会长，谁知却很快演变成互相追杀彼此首脑的大战争。战争期间，没落的山王会图谋再起，而为给小弟报仇的大友也带着市川（大森南朋饰）等人来到东京。秉承着仁义之心的大友，将为这个利欲熏心的黑道修罗场带来一场血腥风暴……
　　本片为北野武“极恶非道”系列三部曲的最终章。