话说故事发生在五百年前的大明朝，巍巍京师，人头攒动，摩肩接踵，好一派盛世繁华的景象。在京城一隅经营着一家天和医馆，馆主陈幕禅（杨皓宇饰）以专治疑难杂症而享誉京城，但是他却有一个不为人知的身份，那就是西厂的特务。某天，陈幕禅突然失踪，志愿成为御医的学徒朱一品（陈赫饰）得到一个关系重大的卷轴。家庭变故让大小姐陈安安（张子萱饰）伤心不已，而卷轴的出现则让一品、师兄弟赵布祝（佟磊饰）、陈安安卷入了前所未有的风波中来。分别隶属东厂和西厂的两大高手杨宇轩（王传君饰）和柳若馨（姜妍饰）相继潜入天和医馆，在钩心斗角、尔虞我诈的同时，也衍生出一段有一段剪不清理还乱的儿女情长戏码……

　　清朝顺治十八年，天花在皇宫蔓延，顺治帝的董爱妃因此一命呜呼，顺治因痛不欲生而决意出家。此时，清帝国充满了内隐外忧。危急之际，孝庄太后（斯琴高娃饰）当机立断，将得了天花初愈的年仅八岁的皇子玄烨力推为皇室继承人，康熙皇帝登基了。康熙（陈道明饰）即位以后，手握兵权的鳌拜以权相逼，孝庄太后为了大局也只好暂时放权让鳌拜亲政。鳌拜的野心并不止亲政，他最终目标是图谋改朝换代，少年康熙机智过人，先以终日和一班少年嬉戏放松鳌拜警惕，随后邀约鳌拜进宫而乘机将其软禁，终于为大清除了一大隐患，保住了江山。随后，康熙更是励精图治，向隐忧以久的三藩开刀，开始一段除乱安内的康熙之治！