2599年，人类酝酿了五百年之久的火星移民计划终于要迈出重要一步了。在此之前，科学家通过向火星投放藻类以及蟑螂以改善火星的生存环境。而今，为了避免死刑的惩罚，小町小吉（伊藤英明 饰）和青梅竹马秋田奈奈绪（武井咲 饰）不得不答应本多博士（小栗旬 饰）的要求，与武藤仁（山下智久 饰）、蛭间一郎（山田孝之 饰）、森木明日香（菊地凛子 饰）、堂岛启介（加藤雅也 饰）等有着不同身份和背景的人们踏入前往火星的飞船。抵达目的地后，他们惊讶地发现蟑螂早已进化成无比健硕高大的生物，并且迅速向他们发起了进攻。                                                                      　　在战斗过程中，他们了解到这次火星旅行的真正目的，于是为了回到地球而拼尽全力与洪水般的蟑螂人战斗……

　　2000年血腥除夕夜，贤知（唐泽寿明饰）一派拼尽全力阻挠“朋友”的人类灭绝计划，但他们的反抗以失败告终。是夜过后，贤知一派被诬为屠杀人类的恐怖分子，而“朋友”则堂而皇之成为了救世主，为万众膜拜和敬仰。
　　2015年，贤知的甥女远藤神乃（平爱梨饰）已成长为特立独行的青春女孩，她十分反感教科书对舅舅的污蔑，经常和老师发生争论。最终，校方决定将她和另一位曾对血腥除夕夜提出质疑的女孩小泉响子（木南晴夏饰）送入“朋友乐园”。与此同时，曾在“朋友乐园”接受改造的异装癖男子偶然得知“朋友”的秘密，被警方杀害。目睹这一幕的神乃决定进入“朋友乐园”一探究竟。
　　另一方面，新的万国博览会将在日本召开，罗马教宗亦会在此时造访日本。被关在萤火虫集中营的阿区（丰川悦司饰）越狱而出，贤知一派幸存的同志们纷纷聚首。在这个暗潮汹涌的时刻，人类的命运将再次改写……
　　本片根据浦泽直树同名漫画改编。
　　（影片简介中涉及的人名均以原著漫画中文版翻译为准）