伊森·亨特和队友们接到了追回三个大杀伤性核武器的任务。眼见任务马上就能完成，但为了挽救其中一位队友卢瑟的生命，三个核武器被人趁机带走。中情局负责人斯隆女士调来她手下的得意猛将沃克，让他盯着伊森·亨特完成追回核武器的任务。期间，女特工伊尔莎突然出现，伊森·亨特发现，他要面对的并不只是恐怖分子，还有潜藏在政府部门的内鬼。

　　一个名叫安迪（查理兹·塞隆饰）的战士领导了一个关系紧密的秘密雇佣兵团体，他们具有神秘的不死之身，为了保护凡人世界而战斗了几个世纪。但团队在受雇执行紧急任务时突然暴露了他们不寻常的能力，他们要依靠安迪和新加入的士兵奈尔（琪琪·莱恩饰），帮助团队消除那些不择手段要复制他们的能力并从中获利的人所带来的威胁。

　　失去了心爱的女人，波恩（马特•戴蒙饰）面临更为艰难的日子，他努力回忆，却只能在睡梦中被脑海里一知半解的闪回所惊醒，依然无法记起自己的身份。
　　但是波恩注定不是平凡人，不等他冷静下来好好“寻找回”自己真正的身份，中情局派出的杀手又接踵而至。在接连的几次较量之后，杰森•伯恩终于被彻底激怒，决定反戈一击——他主动追击杀手，到过莫斯科、马德里。巴黎，也在伦敦和丹吉尔做过停留。
　　随着问题一个一个解决，杰森回到了纽约，在那里，他将会找到一切的答案，寻回自己的身份。