当熊猫阿宝为成为真正的神龙大侠做准备的时候，他的生父——熊猫李山突然到访。与此同时，拥有神秘力量的反派天煞登场，妄图制服所有高手，统治武林。相传在与世隔绝的熊猫村有着对抗天煞的力量，为了拯救苍生，阿宝与父亲踏上了归途，而阿宝的好伙伴悍娇虎、金猴、灵蛇、螳螂则一同拖延天煞，阿宝不仅肩负着成为真正的熊猫大侠的使命，还要让村民美美等新伙伴练就新功夫，继承乌龟大师的遗志，共同抵挡天煞。阿宝失散已久的亲生父亲突然现身，重逢的父子二人一起来到了一片不为人知的熊猫乐土。在这里，阿宝遇到了好多滑稽的熊猫同类。当拥有神秘力量的大反派天煞横扫神州大地，妄图残害所有功夫高手时，阿宝必须迎难而上，学着把那些热爱享乐、笨手笨脚的熊猫村民训练成一班所向披靡的功夫熊猫。